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在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，四周波涛汹涌，怒浪滔天，小岛悬崖峭壁，地势险恶。此处囚禁着或罪大恶极或忠义至上的上忍，加上城主无为（寺杣昌纪 配音）严酷的统治及严密防卫，鬼灯城堪称绝对无法逃脱的死地。即使明知不可为...

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以...

　　新世纪之初不久某年的夏天，为了与父亲生活，逢泽步来到了距东京2小时火车车程的小镇。　　步是不去上学的中学生。原因不明。似乎和什么样的理由都沾一点边，但又不是那种理由。觉得无论走到哪、无论做什么都无聊的步，来和父亲度过一个夏天，是因为母亲出的主意。双亲在他还小的时候离婚了，他和父亲也4年没有见面了。步并非积极地响应母亲的提案。对毫无朝气的步，妈妈提出要以买个山地自行车为交换条件，让他去和父亲见面...

　　前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった...

　　小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也...

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、　　并尝...

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫...

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世...

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...